ככל שתחום המיקרוסקופיה נעשה יותר מורכב ורב מימדי נוצר הצורך לאנליזה כמותית אוטומטית של התמונות העשירות במידע. בקורס נלמד לבצע כימות ואנליזה אוטומטית של תמונות מדעיות, על ידי לימוד מעשי של כלים פרקטיים לכתיבת תוכניות מקרו ושימוש בתוכנות קיימות לאנליזה אוטומטית. נלמד על מגוון תוכנות, כולל תוכנות חדשניות שמשתמשות בלמידת מכונה (machine learning) ובינה מלאכותי.